Фондът ще координира, допълва и увеличава националните инвестиции в научноизследователска дейност в областта на отбраната, в разработването на прототипи и в придобиването на отбранително оборудване и технологии.
Европейският фонд за отбрана ще има две направления: научно-изследователска дейност и разработване и придобиване. По първото ще бъдат предоставяни безвъзмездни средства за съвместни изследвания в областта на новаторските отбранителни технологии и продукти, изцяло и пряко финансирани от бюджета на ЕС. По тази линия за 2017 г. са заделени 25 милиона евро, които до края на 2019 г. ще достигнат 90 милиона, а след 2020 г. ще бъдат предоставяни по 500 милиона евро годишно.
По направление „Разработване и придобиване" фондът ще насърчи държавите членки да си сътрудничат при съвместното разработване и придобиване на отбранителна техника и технологии посредством съфинансиране от бюджета на ЕС и практическа подкрепа от Комисията. Държавите членки например могат съвместно да инвестират в разработването на технологии за дронове или спътникова комуникация, или в закупуването на хеликоптери на едро с цел намаляване на разходите. По това направление ЕС ще предостави съфинансиране в размер на 500 милиарда евро за 2019 г. и 2020 г., и по 1 милиард годишно след 2020 г.